标题：Abasic phosphoramidite 129821-76-7
一、化学试剂的基本信息
保存条件：避光、-20°C储存，避免反复冻融
英文名称：Abasic phosphoramidite；dSpacer CE Phosphoramidite
中文名称：无碱基亚磷酰胺
CAS：129821-76-7
分子式：C35H45N2O6P
分子量：620.73
规格标准：该试剂的纯度通常达到95%以上，规格包括1mg、5mg、10mg等，也可按需包装。
生产信息：陕西新研博美
二、基本定义
Abasic phosphoramidite（又称 dSpacer CE Phosphoramidite 或 无碱基亚磷酰胺）是一种专门用于DNA和寡核苷酸自动合成的化学修饰单体。其核心功能是提供一个“无碱基”的间隔位点，即在合成的DNA链中引入一个既没有嘌呤也没有嘧啶碱基的糖环结构，从而模拟DNA损伤中的脱碱基（abasic）位点或作为非互补的间隔臂。
结构组成
糖骨架：1',2'-脱氧核糖（dideoxyribose）衍生物，作为DNA链的骨架连接点。
5'-保护基团：5'-O-二甲氧基三苯甲基（5'-O-DMT）。该基团保护了糖环5'位的羟基，确保合成过程中反应的特异性，并在合成完成后通过酸处理脱去以进行偶联或纯化。
3'-反应位点：3'-[(2-氰乙基)-(N,N-二异丙基)]-磷酰胺基团。这是亚磷酰胺化学合成法中的标准反应基团，负责在氧化步骤中与前一核苷酸的3'位羟基连接，形成磷酸二酯键。
碱基缺失：糖环的1'位没有连接常规的含氮碱基（A、T、C、G），这是其“无碱基”特性的来源，使得该位置无法与互补链发生碱基配对。
三、功能优势
相比于普通的柔性间隔臂（如C3 Spacer），Abasic Phosphoramidite具有独特的生物学和结构优势：
模拟生理损伤：能够精确模拟DNA中由去嘌呤化（depurination）或氧化损伤引起的天然“无碱基”位点（AP sites），是研究DNA修复机制、DNA聚合酶错误倾向性以及碱基切除修复（BER）途径的理想工具。
保持骨架连续性：与普通碳链间隔臂（如C3, C9）不同，dSpacer保留了完整的脱氧核糖结构。这意味着它在DNA双螺旋中占据的空间更接近天然核苷酸，对DNA二级结构的扭曲和立体阻碍最小，不会像长碳链那样导致链的过度弯曲或骨架断裂。
阻断碱基配对：由于缺乏碱基，该位点会阻断聚合酶在特定位置的延伸，常用于构建“缺口”（gap）或研究聚合酶在遇到损伤时的停滞行为。
合成兼容性：其偶联条件和脱保护条件与标准核苷酸完全相同，可直接使用自动化DNA合成仪进行常规合成，无需修改合成程序。
应用特点
Abasic Phosphoramidite在分子生物学和化学生物学领域有广泛的应用，主要包括：
DNA损伤研究：用于合成含有特定位置脱碱基位点的寡核苷酸，研究细胞内DNA修复酶（如APE1, DNA glycosylases）对AP位点的识别和切割机制。
突变机制分析：研究在DNA复制过程中，当模板链出现无碱基位点时，DNA聚合酶倾向于插入何种碱基（倾向于插入腺嘌呤，即“A规则”），从而解析突变起源。
探针与标记设计：作为非标记的间隔臂，用于调节荧光基团、淬灭剂或亲和素（如生物素）与DNA末端的距离，优化FRET（荧光共振能量转移）效率或减少空间位阻。
反义与siRNA技术：在某些情况下，引入无碱基位点可调节寡核苷酸与靶标RNA的杂交强度，或作为特定的酶切位点（尽管更多是利用其阻断特性）。
结构生物学：用于制备用于NMR或晶体学研究的不完整DNA双螺旋，探究碱基对缺失对双螺旋结构稳定性（Tm值）的影响。
四、新研博美目录列表：
Alkyne-PEG6-NHS
GelGreen
Endo BCN-PEG18 NHS Ester
BHQ-1 NHS
Fluorescein-PEG6-bis-NHS ester
Biotin-PEG3-Azide
Biotin-PEG4-Dde-TAMRA-PEG3-Azide
sulfoCyanine 3 NHS Ester
Cyanine7 NHS ester
Biotin-PEG2-azide
ATTO 514-Biotin
Azide-PEG2-amine
R6G alkyne, 6-isomer
HMSiR-Amide-Me
BDP 558/568 NHS ester
PLGA-NH2 PLGA-NH2
温馨提示：
试剂仅用于科研实验，不可用于人体~~~~~编辑作者：陕西新研博美木南
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